اگرچہ افتخار چوہدری کی عدالتی فعالیت نے پرویز مشرف کی فوجی حکمرانی کو ختم کرنے اور پاکستان میں جمہوریت کی بحالی میں اہم کردار ادا کیا، لیکن ان کے ازخود نوٹس اکثر آئینی اور ادارہ جاتی حدود سے تجاوز بھی کر جاتے تھے۔